Al vóór de Sint-Elisabethsvloed van 1421 bevond zich op de plek van het huidige Puttershoek een dorpje genaamd Hoecke. Deze naam was vermoedelijk afgeleid van de scherpe bocht (“hoek”) die de dijk rond de Groote of Hollandsche Waard daar maakte. Na de Sint-Elisabethsvloed kwam het gebied in handen van de heren van Putten, die het vervolgens in leen gaven aan een ambachtsheer.

Tot ver in de 19e eeuw bleef Puttershoek een klein en afgelegen dorp, waar biezensnijden de belangrijkste bron van inkomsten was. In 1912 veranderde het dorp echter drastisch met de bouw van een grote suikerfabriek. Elk najaar verspreidde zich de kenmerkende zoete geur van de pulpdrogerij door het dorp, een geur die bij stevige wind tot tientallen kilometers verderop te ruiken was. Het seizoenswerk in de suikerfabriek trok ook arbeiders uit Noord-Brabant en Zeeland naar Puttershoek.
Na de Watersnoodramp van 1953 werden bijna alle huizen op het direct aan de Oude Maas gelegen Weverseinde afgebroken om de dijk op deltahoogte te brengen. Alleen de 16e-eeuwse haven (de kleinste open haven van Nederland), het Schouteneinde en een deel van de oude dorpskern rond de Arent van Lierstraat/Kerkstoep zijn bewaard gebleven. In dit gebied staan onder andere het oude gemeentehuis van Puttershoek, waarop het wapen met drie zwarte Franse lelies op een zilveren schild nog steeds te zien is, en het oude postkantoor “Springende Peert,” dat met zijn trapgevel en gevelsteen herinnert aan de tijd dat Puttershoek een pleisterplaats was op de postroute van Rotterdam naar Antwerpen. Ook de korenmolen De Lelie aan de Molendijk en de oude dokterswoning op Schouteneinde 28 zijn bezienswaardigheden die de rijke geschiedenis van het dorp levend houden.